GC-MS聯用的氣質聯用法被廣泛應用于復雜組分的分離與鑒定，其具有GC氣相色譜的高分辨率和MS質譜的高靈敏度，是生物樣品中藥物與代謝物定性定量的有效工具。
 

GC-MS聯用后，儀器控制、高速采集數據量以及大量數據的適時處理對計算機的要求不斷提高。一般小型臺式的常規檢測氣質聯用儀由個人計算機及其Windows95或Windows支持。而大整研究用的GC-MS聯用儀，主要是磁質譜或者多級串聯質譜大都有小型工作站及其Unix系統支持。為方便用戶使用，隨著個人計算機CPU和軟件的迅速發展，不少大型GC-MS聯用儀的計算機系統開始采用PC。

GC-MS聯用后，氣相色譜儀部分的氣路系統和質譜儀的真空系統幾乎不變，僅增加了接口的氣路和接口真空系統。

GC-MS聯用后，整機的供電系統不僅變化不大。除了向原有的氣相色譜儀、質譜儀和計算機及其外設各部件供電以外，還需向接口及其傳輸線恒溫裝置和接口真空系統供電。

GC-MS聯用的氣質聯用法GC方法的區別：

1,GC-MS方法定性參數增加，定性可靠。GC-MS方法不僅與GC方法一樣能提供保留時間，而且還能提供質譜圖，由質譜圖、分子離子峰的準確質量、碎片離子峰強比、同位素離子峰、選擇離子的子離子質譜圖等使GC-MS方法定性遠比GC方法可靠。

2,GC-MS方法是一種通用的色譜檢測方法。但靈敏度卻遠高于GC方法中的通用檢測器中任何一種。GC方法中常用的只有FID和TCD是通用檢測器，其余都是選擇性檢測器，與檢測樣品中的元素或官能團有關。