色譜-質譜聯用技術是當代最重要的分離和鑒定的分析方法之一。色譜的優勢在于分離，色譜的分離能力為混合物分離提供了最有效的選擇，但色譜方法難以得到結構信息，其主要靠與標樣對比達到對未知物結構的推定；在對復雜混合未知物的結構分析方面顯得薄弱；在常規的紫外檢測器上對于無紫外吸收化合物的檢測和大量未知化合物的定性分析還需依賴于其他手段。質譜法能提供豐富的結構信息，用樣量又是幾種譜學方法中用量最少的，但其樣品需經預處理（純化、分離），程序復雜、耗時長。長期以來，人們為解決這兩種技術的弱點發展了許多技術，其中色譜. 質譜聯用技術是最具發展和應用前景的技術之一。

目前應用較多的是氣相色譜-質譜（GC-MS）聯用。但是GC要求樣品具有一定的蒸氣壓，只有20%的藥品可不經過預先的化學處理而能滿意地用氣相色譜分離，多種情況下所研究的藥物需要經過適當的預處理和衍生化，以使之成為易汽化的樣品才能進行GC-MS分析。而HPLC可分離極性的、離子化的、不易揮發的高分子質量和熱不穩定的化合物，同時LC-MS聯機彌補了傳統LC檢測器的不足，具有高分離能力，高靈敏度，應用范圍更廣和具有極強的專屬性等特點，越來越受到人們的重視。據估計已知化合物中約80%的化合物均為親水性強、揮發性低的有機物，熱不穩定化合物及生物大分子，這些化合物廣泛存在于當前應用和發展最廣泛、最有潛力的領域，包括生物、醫藥、化工和環境等方面，它們需要用LC分離。因此，LC-MS的聯用可以解決GC-MS無法解決的問題。

液相色譜-質譜聯用技術經歷了一個較長的實踐、研究過程，直到20世紀90年代才出現了被廣泛接受的商品接口及成套儀器。

液相色譜-質譜聯用儀主要由色譜儀、接口、質譜儀、電子系統、記錄系統和計算機系統六大部分組成。混合樣品注入色譜儀后，經色譜柱得到分離。從色譜儀流出的被分離組分依次通過接口進入質譜儀。在質譜儀中首先于離子源處被離子化，然后離子在加速電壓作用下進入質量分析器進行質量分離。分離后的離子按質量的大小，先后由收集器收集，并記錄質譜圖。根據質譜峰的位置和強度可對樣品的成分和其結構進行分析。但是，在液相色譜儀和質譜儀聯用時，傳統的HPLC系統中遇到的流量和質譜儀要求的真空之間存在的難以協調性似乎太大了。再者，HPLC缺乏靈敏性、選擇性和通用的檢測器也是HPLC和MS聯用的推動力。

隨著聯用技術的日趨成熟，LC-MS日益顯現出優越的性能。它除了可以彌補GC-MS的不足之外，還具有以下幾方面的優點：

（1）廣適性檢測器，MS幾乎可以檢測所有的化合物，比較容易地解決了分析熱不穩定化合物的難題；

（2）分離能力強，即使在色譜上沒有完全分離開，但通過MS的特征離子質量色譜圖也能分別畫出它們各自的色譜圖來進行定性定量，可以給出每一個組分的豐富的結構信息和分子量，并且定量結構十分可靠；

（3）檢測限低，MS具備高靈敏度，它可以在<10-12g水平下檢測樣品，通過選擇離子檢測方式，其檢測能力還可以提高一個數量級以上，特別是對于那些沒有=> 吸收的樣品，用12 檢測更是得心應手；

（4）可以讓科學家從分子水平上研究生命科學；

（5）質譜引導的自動純化，以質譜給餾分收集器提供觸發信號，可以大大提高制備系統的性能，克服了傳統UV制備中的很多問題。