液質聯用氣體的選用根據區域不同，氣體作用不同，選用的氣體自然不同。

一，離子源區和離子傳輸區，這個區域使用的氣體就是幫助離子化的。氣體當然是選惰性的為佳。但是，選氦氣、氬氣太貴，所以，大家都會選用氮氣，雖然它不是完全惰性，只是幫助離子化，氮氣足夠了。這時的氮氣一般有三種作用，

（1）第一種是幫助離子化的輔助氣（Auxillary gas），它是最常使用的。使用流速參見各公司說明，一般來說，液相流量大，就要求輔助氣流速大。非常關鍵的一點，ESI的流速開得大，靈敏度反而會降低。

（2）第二種作用是用于抵抗污染的，比如AB叫簾氣（Curtain gas），Thermo叫吹掃氣（Sweep gas），Agilent叫反吹氣。這路氣體可以不開，對臟樣品管用，對干凈樣品反而會降低靈敏度。

（3）第三種，是為了加熱（不包括每種儀器）。加熱也是為了提高離子化效率。Waters的儀器以及Thermo的大部分儀器都可以加熱離子源框架，或者離子傳輸管，所以不再加熱氣體。但是，AB的Turbo源、Thermo的H-ESI源，都是在噴針旁邊在用氮氣流加熱，為的是提高離子化效率。Agilent/Bruker的儀器對噴針不加熱，但是它的離子傳輸管不能直接用電路加熱，所以在傳輸管外側就用熱氮氣流加熱。值得注意的是：這種加熱氣體的設計，會導致儀器耗氣量急劇增加（氣體加熱了以后揮發更快）。

二，離子經過離子源區、和離子傳輸系統，完成了離子化，就進入真空的分析區。這個區域要求用絕對的惰性氣體，以完成碰撞，因為如果還用氮氣，會碰出很多“鬼峰”。

最先的考慮用氬氣，因為氬氣比氦氣便宜。液質聯用：串聯四極桿、Q-TOF都是用氬氣的。

但是，在離子阱的最初設計時，人們發現，氦氣還有一種奇妙的作用，它可以緩釋動能，因為離子剛剛進入離子阱中動能很大，很容易碰在阱壁上就“湮沒”了，而充入一定的氦氣，剛好可以緩釋動能，使離子快速穩定在阱的中央，這種氣體叫做“damping gas”。所以，在離子阱中選用氦氣可謂一舉兩得，既緩釋了離子動能，又做了碰撞氣。

三，液質聯用離子源區的氣體不見得非要用高純的氮氣，很多用戶都用普氮。不過，用普氮，過一段時間氣體接入質譜的地方（比如濾膜等）會臟，要常檢查常清洗、更換，否則就把儀器污染了。分析區的氦氣或氬氣要用高純的。