二手高效液相色譜分析使用的數據處理系統與二手氣相色譜分析使用的完全相同。分析結果除可用記錄儀繪制譜圖外，現已廣泛使用微處理機和色譜數據工作站來記錄和處理色譜分析的數據。

微處理機是用于色譜分析數據處理的專用微型計算機，它可與二手氣相色譜儀或二手高效液相色譜儀直接連接，構成一個比較完整的色譜分析系統。

一般微處理機包括一定容量的程序儲存器、分析方法儲存器、數據儲存器和譜圖記錄或顯示器。通過對色譜參數的逐個提問，來進行指令定時控制，如自動進樣、流量變化、梯度洗脫(或程序升溫)、級分收集、譜圖儲存等。可指導操作者輸入相應的數據，可利用鍵盤給出指令和數據。通常利用功能鍵給出操作參數指令，利用數字鍵輸入相關的數據。每次色譜分析結束，打印繪圖機可當場繪出色譜圖，同時標出每個色譜峰的名稱、保留時間、峰高或峰面積，在計算峰面積時，可自動修正和優化色譜分析數據，如對基線進行校正、搭界色譜峰的分解等。并可利用已儲存的分析方法計算程序，按操作者的要求(如內標法、外標法、歸一化法等)自動打印出分析結果。它還可與光盤驅動器連接，以儲存色譜分析優化方法的計算程序(使用Basic或Fortran語言)。

微處理機的廣泛使用既大大提高了分析速度，也改善了二手氣相色譜或二手高效液相色譜分析結果的準確度和精密度。

色譜工作站多采用16位或32位高檔微型計算機，其主要功能為：

(1)自行診斷功能可對色譜儀的工作狀態進行自行診斷，并能用模擬圖形顯示診斷結果，可幫助色譜工作者及時判斷儀器故障。

(2)全部操作參數控制功能色譜儀的操作參數，如柱溫、流動相流量、梯度洗脫程序、檢測器靈敏度、最大吸收波長、自動進樣器的操作程序等，可以預先設定，并實現自動控制。

(3)智能化數據處理和譜圖處理功能可由色譜分析獲得色譜圖，打印出各個色譜峰的保留時間、峰面積、峰高、半峰寬，并可按歸一化法、內標法、外標法等進行數據處理，打印出分析結果。譜圖處理功能包括譜圖的放大、縮小，峰的合并、刪除、多重峰疊加等。使用專用的色譜參數的計算和繪圖軟件，可計算柱效、分離度、Kovats保留指數、拖尾因子，并可繪制標準工作曲線、范第米特曲線。

(4)進行計量認證的功能工作站儲存有對色譜儀器性能進行計量認證的專用程序，可對色譜柱控溫精度、流動相流量精度、氘燈和氙燈的光強度及使用時間、光吸收波長校正、檢測器噪聲、自動進樣器的線性等進行監測，可判定是否符合計量認證標準。

(5)控制多臺儀器的自動化操作功能色譜工作站可控制四套HPLC系統，并完成全部HPLC方法的設定、運行、打印報告，并可與國際互聯網連接進行數據傳輸或儀器遠程診斷。

(6)網絡運行功能配備用Windows NT構成的專用軟件，作為服務器(server)，可將同一實驗室的色譜工作站連成局域網絡。服務器使用兩種專用軟件，一種是從事實驗室管理的Chem Access軟件，它可傳輸或交換數據、監控儀器的工作狀態；另一種是具有數據庫功能的Chem Store軟件，它可對數據進行歸納、統計處理、分類。服務器也可與國際互聯網連接，構成廣域網絡。

色譜工作站還可運行多種色譜分離優化軟件(如單純形優化、窗圖優化、溶劑選擇性三角形優化、重疊分離度圖優化等多種方法)、保留指數定性軟件、多維色譜系統操作參數控制軟件等。