二手質譜儀的質譜, 即質量的譜圖, 物質的分子在高真空下, 經物理作用或化學反應等途徑形成帶電粒子, 某些帶電粒了可進一步斷裂。 每一離子的質量與所帶電荷的比稱為質荷比(m/z,曾用 m/e). 不同質荷比的離子經質量分離器一一分離后, 由檢測器測定每一離子的質荷比及相 對強度, 由此得出的譜圖稱為質譜。

在二手質譜儀測試的一張質譜圖上可以看到許多峰及其相對強度的信息，這些峰的位置和強度和化合物分子種類及結構有關。呈現在質譜中主要有分子離子、同位素離子、碎片離子、亞穩離子、多電荷離子等，這些均有相對應的離子產生。

二手質譜儀的質譜中的離子種類
1、分子離子

分子被電子束轟擊失去一個電子形成的離子稱為分子離子。 
分子離子用 M+·表示。 分子離子是一個游離基離子。在質譜圖中與分子離子相對應的峰為分子離子峰。
分子離子峰的質荷比就是化合物的相對
分子質量, 所以,用質譜法可測分子量。

2、同位素離子

含有同位素的離子稱為同位素離子。 在質譜圖上, 與同位素離子相對應的峰稱為同位素離子峰。

3、碎片離子

分子離子在電離室中進一步發生鍵斷裂生 成的離子稱為碎片離子。

4、重排離子

經重排裂解產生的離子稱為重排離子。 其結構并非原來分子的結構單元。 
在重排反應中, 化學鍵的斷
裂和生成同時發生, 并丟失中性分子或碎片。

5、母離子與子離子

任何一離子進一步產生了某離子，前者稱為母離子，后者稱為子離子。
分子離子是母離子的一個特例。

6、奇電子離子與偶電子離子

具有未配對電子的離子為奇電子離子。奇電子離子同時也是自由基,具有較高的反應活性。 
無未配對電子的離子為偶電子離子。

7、多電荷離子

分子中帶有不止一個電荷的離子稱為多電荷離子。 當離子帶有多電荷離子時, 其質核比下降, 因此可
以利用常規的四極質量分析器來檢測大分子量化合物。

8、亞穩離子

從離子源出口到檢測器之間產生的離子。 即在飛行過程中發生裂解的母離子。 
由于母離子中途已經裂解生成某種離子和中性碎片, 記錄器中只能記錄這種離子, 也稱這種離子為亞穩離子, 由它形成的質譜
峰為亞穩峰。

9、準分子離子

比分子量多或少 1 質量單位的離子稱為準分子離子,如:(M+H)+, (M-H)+。
其不含未配對電子, 結構上比較穩定。