二手安捷倫氣相色譜儀在使用前，需要進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為之后評價儀器性能變化的參考。儀器的性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同，在做性能測試時是按照色譜儀出廠報告中的條件進行，只有這樣，測得的結果才有可比性。
　　在對色譜儀使用前進行測試以后，要根據不同的情況對其進行保養：
　　1.反相色譜柱每天實驗后的保養：使用緩沖液或含鹽的流動相，實驗完成后應用10%的甲醇/水沖洗30分鐘，洗掉色譜柱中的鹽，再用甲醇沖洗30分鐘。注意：不能用純水沖洗柱子，應該在水中加入10%的甲醇，防止將填料沖塌陷。
　　2.長期保存色譜儀：如色譜柱要長時間保存，必須存于合適的溶劑下。對于反相柱可以儲存于純甲醇或乙腈中，正相柱可以儲存于嚴格脫水后的純正己烷中，離子交換柱可以儲存于水中，并將購買新色譜柱時附送的堵頭堵上，儲存的溫度需為室溫。
　　二手安捷倫氣相色譜儀對含鹽類流動相比較敏感，不要讓儀器里有鹽類以及粘度大的樣品、強酸強堿的樣品殘留；
　　用做實驗時，先把液相泵用甲醇變換流速沖洗1小時，然后用實驗所需的流動相沖洗1小時，再接上專用色譜柱色譜柱沖洗1小時(別接檢測器)，最后把色譜柱接到檢測器上，待基線走平做實驗；
　　做完實驗，用兩通取代色譜柱，用甲醇沖洗整個液相系統至少1小時，再關閉液相系統；
　　沖洗后的液相系統及其檢測器若長期不用，泵和檢測器的各個接口用封口膜封上，避免進入灰塵或爬入小生物造成不必要的麻煩；
　　盡量專柱專用，避免影響檢測結果；
　　若是基線不穩，不接色譜柱、檢測器，用純水沖洗系統30分鐘，再接示差檢測器沖洗1小時。然后關掉Purge鍵走基線。一切正常后，接上沖洗好的色譜柱，每次更換流動相都得打開Purge鍵沖1小時，待基線平了關掉Purge鍵。關掉Purge鍵帶基線平穩后可以進樣。