現在絕大多數食品檢測實驗室均是配置色譜-質聯用儀，單獨使用質譜儀檢測的已經非常少了。單獨使用的是應用同位素質譜儀檢測蜂蜜等食品中的同位素比，以確定產品是否摻偽。

二手GC-MS 是高分離功能的GC與能提供被測物質分子信息的MS聯用分析儀器。兩種儀器功能互補，使儀器的分析功能更強大。例如：質譜能提供被測物的特定分子信息，對化合物的定性更加準確。質譜無法區分同分異構體，而色譜分離同分異構體很容易。所以，色譜-質聯用儀的功能是1+1>2。

現在二手GC-MS氣相色譜-質譜的氣相色譜部分均采用高分離性能的毛細管色譜，可以選配不同類型的進樣口，如：最常用的分流/不分流進樣口和（溫度/壓力）可編程控制進樣口。柱箱多級程序升溫控制。氣質聯用性能：現在國內市場上比較常見品牌的主流型號GC的性能、功能并無多大差異。故在GC方面不再做比較。
MS的類型有多種，通常是按照分析器的類型來分，有四極桿質譜、離子阱質譜、飛行時間質譜、四極桿串聯質譜、高分辨磁質譜等。不同廠家的不同型號的MS性能、功能、價格或者說性價比都存在較大差異。

二手GC-MS氣相色譜-質譜 目前食品檢測實驗室配置使用的GC-MS聯用儀多配置低分辨MS，這類儀器以目標化合物的定性、定量為主，兼有一定的未知物定性功能。選用這類儀器有兩個目的：

第一， 主要目的，是對食品中殘留物進行分析

既然是用于殘留物分析，儀器的靈敏度至關重要，也是選儀器時首先應考慮的。但這不是唯一的指標（特別是不能僅看標稱指標），還要綜合考慮儀器的分辨率、質量穩定性、質量范圍、動態線性范圍、抗污染能力（包括儀器離子源、預四極等部件的清洗維護是否方便）、以及軟件操作是否方便等。

二手GC-MS氣相色譜-質譜在殘留物的分析中應用愈來愈普遍，因為MS是一個通用型檢測器，對大多數有機化合物都有比較好的響應。另一方面，四極桿質譜檢測時有一個選擇離子方式（SIM方式），與全掃描方式相比可以提高檢測靈敏度2、3個數量級，檢測靈敏度較氫火焰檢測器（FID）、火焰光度檢測器（FPD）、氮磷檢測器（NPD）高，稍遜于電子俘獲檢測器（ECD）對有機多鹵素化合物的檢測。殘留物分析多為目標物檢測，所以，用SIM方式檢測既有廣譜性（對化合物的響應而言），又有特異性（對不同化合物各自的特征離子而言），特別適合用于多種殘留物的檢測，提高分析效率。
現在儀器公司買儀器時所列出的技術指標有：靈敏度、分辨率、質量穩定性、質量范圍、動態線性范圍等。 

靈敏度值相比高了很多現在表述靈敏度是用八氟萘（OFN），如：EI+，1pgOFN信/噪（S/N）>100。現在的信/噪比是RMS（均方根）方式，數值上與過去的靈敏度值相比高了很多。過去信/噪比是峰-峰比，即：信號的峰高/基線噪音的峰高，比較一目了然，自己拿尺子量都能量出來。
做靈敏度指標時應該注意幾個問題：
（1）應該先做分辨率，在保證單位質量分辨時，再做靈敏度。可以采用一種近似方法，即半峰高處的峰寬不小于1/2峰寬。靈敏度與分辨率成反比，若為了靈敏度而損失分辨率，會降低了質譜定性功能。
（2）質量掃描范圍也應有規定，比如：OFN，200-300amu，掃描范圍減小也能提高信/噪比。這些限制性條件應在談合同時就確定下來。
（3）檢測電壓應該是正常檢測時的工作電壓，不同型號的質譜儀因參數表示的含義有差異，所以，各家儀器推薦使用的檢測電壓值也不同。但是，做靈敏度測試時的電壓不應高于推薦正常使用時的工作電壓。否則在實際工作時就會有問題，因為實際樣品檢測時是有基質干擾的，高電壓不能提高信/比，而且還會使電子倍增器壽命降低。
其實做標準品的指標只是個參考，將來做基質復雜的實際樣品（如動物內臟）能得到好的、穩定的結果才是關鍵。 所以在購儀器前做一個實際樣品到儀器上實測試一下，進一步了解一下各種儀器用戶的反應，比僅僅只比指標會更好。
儀器的其它指標：
對于低分辨質譜，分辨率達到單位分辨一般沒有問題。
質量范圍現在多標稱為2~1025（或1500）u，這個質量范圍對二手GC-MS夠用了。

二手GC-MS 氣相色譜質譜聯用 分析物是揮發或半揮發物質，分子量一般不會太大。要注意的是若做污染物十溴聯苯（MW954）和十溴聯苯醚（MW 970）檢測，不能選質量數小于1025u的。 質量的穩定性一般在0.1amu/8hr，這個指標其實也挺重要的。好的儀器幾個月校正一次質量數即可，差的每周都要校正。雖不影響檢測，但增加操作者的工作量。 線性范圍大于10e4，對殘留分析夠用了。這些指標驗收儀器時均需要按照合同的規定認真做。

此外，儀器的一些功能在驗收儀器時也一定要都親手做一遍，比如：化學電離源（CI）的更換、直接進樣桿的操作、復合電離切換方式（EI/CI）、復合掃描方式（TIC/SIM）等。許多農藥含有鹵素和電負性基團，因此有電負性。負化學源（NCI）檢測這類物質可以獲得較高靈敏度，這是由于NCI的本底較低，檢測電負性物質時可以獲得更高的信/噪比。對于定性也可以起到補充確證的作用。做NCI時需要通入反應氣，所以，要求儀器的真空系統要比較好。現在廠家提供的GC-MS配置是可以選配的，若配NCI就一定要配置大抽率的真空泵，起碼大于250L/min，最高配置有2×200L/min。另外，還應考慮更換離子源的方便性，有的型號儀器更換離子源可以不破壞真空。

殘留分析通常是目標物檢測，目標物多為農藥、獸藥、添加劑、化學污染物等。這里的定性僅僅是對目標物進行確證。對于這種定性可以用兩種方法，一是與儀器自帶的NIST譜庫（2006版提供約14萬多張）的質譜圖進行比對，二是與對應的標準品的質譜圖進行比對。實際檢測時后者的比對方法更好、更準確。因為，被測物經過前處理和毛細管柱后，基質的干擾會使被測物質譜圖的離子碎片和豐度比與NIST譜庫的質譜圖（通常是由純品直接進樣得到的）產生偏差。而且，定量時也需要有標準品。

第二，分析功能是對未知物分析
這里的未知物并非真正意義上完全未知的物質，若真是那種完全未知的物質僅僅靠MS，特別是低分辨的MS對其準確確證還是很難做到。這里的所謂未知物其實是已被人們認知的物質，該物質的質譜信息已被收錄在了NIST譜庫中，只是我們檢測的物質中不知含有這些物質中的那一種。比如，不同地域的同一種天然產物產品的成分是不太一樣的，同為玫瑰精油，國產的和進口的成分組成存在差異，通過MS分析及與NIST譜庫比對，就能找出兩種精油特征物質是什么，量有多少差異，不同在那里。再如，養魚塘里的魚突然死了，搞不清是什么原因，那么就取魚塘里的水化驗一下，水里含有什么物質并不清楚，這時我們就認為水里含有某種未知物。拿到實驗室化驗，經質譜NIST譜庫檢索比對，初步認為驗出了甲胺磷。為保險起見，再打一針甲胺磷的標準品，結果保留時間、離子的豐度比都一致，最終確定水里含有的甲胺磷是致魚死亡的原因。這類工作在日常工作中遇到的比較少，其對儀器的要求就是檢測得到的質譜圖與NIST譜庫的盡可能相近，這樣得到的結果會更準確些。所以，這種最好選擇四極桿質譜、飛行時間質譜或高分辨磁質譜。而離子阱質譜，特別是內源式離子阱質譜得到的譜圖與NIST庫譜圖差異要大些。