Orbitrap Fusion系統解決通量問題的一個方法是通過串聯質量標簽(TMT)。該技術能夠使質譜儀同時對多個樣品中的蛋白質進行相對定量研究。與先前的工具相比，Orbitrap Fusion儀器顯著改善了數據的深度和質量，從而獲得更為出色的TMT結果。新平臺借助 MS3 選擇性的優勢提高定量準確度，而且較之以往的分析系統,在單位時間內可獲取兩倍的MS3掃描次數,且靈敏度也獲得顯著提升。

Orbitrap Fusion LC-MS的核心是配置三個不同的質量分析器，這些分析器共同協作，將分析性能提升至全新的高度，從而實現全新的實驗方法：

1、四極桿用于進行母離子選擇，分辨率最低可達0.4 amu，具有出色的靈敏度和選擇性;

2、超高場Orbitrap提供超過450,000的分辨率和高達15 Hz的掃描速率，具有無法逾越的分析選擇性和速度;

3、多級桿離子回旋通道及雙壓線性離子阱提供 MSn HCD、CID 和 ETD 裂解，可在zui高達20 Hz的掃描速度下進行快速、靈敏的質量數分析。同步的母離子選擇增強了儀器的信噪比。

三合一配置使用戶能夠以比一些商業化儀器更快的速度識別更多的低豐度蛋白質。其獨特的結構能夠在Orbitrap和線性離子阱質量分析器中實現同時的母離子隔離、裂解和數據采集。與已有儀器相比，所采集得到的數據質量更高，擴展了可能的實驗范圍。

可在任意MSn分析階段選擇不同裂解模式并以Orbitrap或線性離子阱分析器檢測的能力使得一系列新型實驗成為可能，從而能夠獲取來自代謝物、多聚糖、翻譯后修飾和序列多態性方面的全新水平的結構信息。

在典型代謝組學實驗中，科研人員經常會面臨未知物和目標化合物。為了識別未知物，必須在LC-線性離子阱儀器上重新運行樣品以獲取MSn數據，但在第二次運行時匹配色譜儀保留時間會比較困難，進而導致了不確定性。利用其獨特的三合一質量分析器配置，新型Orbitrap Fusion Tribrid LC-MS克服了這一問題，通過確鑿的未知物鑒定結果為用戶提供革新眾多小分子實驗方法的能力。