液質聯用與氣質聯用類似，也是由兩部分組成，只是它的分離系統由氣相色譜改成了液相色譜，因此在應用方面有所不同。液質聯用LC-MS以液相色譜作為分離系統，質譜為檢測系統。樣品在質譜部分和流動相分離，被離子化后，經質譜的質量分析器將離子碎片按荷質比分開，經檢測器得到質譜圖。液質聯用LC-MS體現了色譜和質譜優勢的互補，將色譜對復雜樣品的高分離能力，與MS具有高選擇性、高靈敏度及能夠提供相對分子質量與結構信息的優點結合起來，在藥物分析、食品分析和環境分析等許多領域得到了廣泛的應用

LC-MS主要用于不揮發性化合物、極性化合物、熱不穩定化合物、大分子量（包括：蛋白、多肽、多聚物等）化合物等的分析測定，且沒有商品化的譜庫可以對比查詢，只能自己建庫或者自己解析譜圖。

一，LC-MS液質聯用系統分類：

1，從質譜的離子源角度來劃分，包括：電噴霧離子源（ESI），大氣壓化學電離源（APCI），大氣壓光電離源（APPI）和基質輔助激光解吸電離源（MALDI）等；

2，從質譜的質量分析器角度來劃分，包括四極桿、離子阱、飛行時間（TOF）和傅立葉變換質譜等。ESI、APCI和APPI三種離子源大多與四極桿和離子阱質譜聯用，是目前應用最廣泛的幾種液質聯用儀。

二，LC-MS液質聯用主要分析特點：

LC-MS除了可以分析氣相色譜一質譜(GC-MS)所不能分析的強極性、難揮發、熱不穩定性的化合物之外，還具有以下幾個方面的優點：

①分析范圍廣，MS幾乎可以檢測所有的化合物，比較容易地解決了分析熱不穩定化合物的難題；

②分離能力強，即使被分析混合物在色譜上沒有完全分離開，但通過MS的特征離子質量色譜圖也能分別給出它們各自的色譜圖來進行定性定量；

③定性分析結果可靠，可以同時給出每一個組分的分子量和豐富的結構信息；

④檢測限低，MS具備高靈敏度，通過選擇離子(SIM)檢測方式，其檢測能力還可以提高一個數量級以上；

⑤分析時間快，LC-MS使用的液相色譜柱為窄徑柱，縮短了分析時間，提高了分離效果；

⑥自動化程度高，LC-MS具有高度的自動化。